Йода, самый старший и мудрый из когда-либо живших джедаев, провёл последние годы своей жизни, скрываясь на болотах Дагобы. Восемьсот лет Йода тренировал рыцарей Ордена и был очень могущественен во владении и контакте с Силой. Его последними (сыгравшими важную роль в истории) учениками были Оби-Ван Кеноби и Люк Скайуокер. В годы существования Старой Республики Йода был уважаемым старшим магистром Совета Джедаев. Окружив себя такими помощниками, как Мэйс Винду и Ки-Ади Мунди, Йода присутствовал в самой гуще событий, наблюдая, как сокрушается старый порядок и устанавливается новый, судьбоносный для Ордена. Он также играл важную роль, как непосредственно наставник; когда будущие падаваны из числа одарённых ребятишек усваивали первые уроки в обращении с Силой, именно мудрый Йода наставлял их. Многие известные магистры учились у Йоды, будучи ещё детьми, разбитыми на группы - своеобразные кланы. Когда же ученики подрастали, их объединяли в союз с более старшим джедаем, чтобы познание Силы было сосредоточено на единичном союзе.
Тёмная сторона начала усиливаться в годы пика расцвета Республики, и Йода был чрезвычайно этим обеспокоен. Её воздействие было так велико, что затуманивало провидческие способности джедаев, им было трудно принимать важные решения. Чувствуя возмущение в Силе, Йода тщательно рассматривал каждую возможность угрозы для общего порядка. Совет джедаев приказал рыцарю Кеноби исследовать попытку убийства, предпринятую сепаратистами в отношении сенатора Амидалы, но то, что он выяснил, было ещё более волнующим, чем покушение. Целая армия клонов была создана по заказу магистра Сйфо-Диаса. Никто из членов Совета не только не был об этом осведомлён, но даже не предвидел подобного. Дальнейшие выяснения обстоятельств раскрыли тот факт, что сепаратисты готовились к войне. Граф Дуку, бывший падаван Йоды, ныне тёмный джедай, создавал армию дроидов при коммерческой поддержке бесчестных торговцев. Надо было немедленно что-то предпринять. Верховный Канцлер Палпатин, после общего голосования облечённый экстренными полномочиями, дал добро на раскрытие тайны о создании армии клонов, и вовлёк джедаев в военные действия. Йода предпринял поездку в отдалённый мир Камино, где поднял по тревоге отряды клонов и переправил их на Геонозис, в помощь немногочисленным сражающимся рыцарям. Когда республиканские клоны столкнулись с боевыми дроидами, началась знаменитая Война Клонов. Йода, действующий, как генерал, наблюдал за битвой из командного центра. Клоны победили силы сепаратистов на Геонозисе, но многие злонамеренные мятежники бежали. Маленький магистр последовал за графом Дуку в убежище, где тот пытался пробраться на корабль и тяжело ранил Кеноби и падавана Скайуокера. Йода и Дуку начали бой. Сначала проверялось мастерство во владении Силой. Понимая, что он гораздо слабее своего бывшего учителя, граф постановил, что они будут сражаться на лазерных мечах. В новой схватке мастера показали невероятные способности и высокую скорость. В конце концов Дуку бежал, прибегнув к хитрости - он отвлёк внимание Йоды, обрушив на раненых джедаев оборудование в ангаре. Зная, что благородство пересилит в нём желание победить, граф выиграл себе немного времени, пока тот спасал товарищей. Первая битва в Клонической войне обернулась победой для Республики, но Йода не верил, что всё прошло так легко. Слишком многое было скрыто Тёмной стороной, и решения Совета джедаев были подсказаны желанием не отвечать на беспокоящие вопросы - рыцари предпочитали спокойствие. Многие джедаи погибли на Геонозисе, но природа смерти вообще стала не ясна старому магистру. Медитируя, Йода почувствовал, что с юным Скайуокером произошло нечто очень плохое. В тот же момент он услышал голос Куай-Гон Джинна, предостерегающего юношу - храбрый рыцарь погиб десять лет назад. Казалось, что для джедая невозможно проявляться во внешнем мире после слияния с Силой, но Йода слышал его, несомненно. Это была ещё одна загадка, которую Йоде предстояло решить посреди ломающегося строя Старой Республики. Когда крушение произошло, и из праха поднялась Империя, император приказал истребить Орден джедаев и саму память о нём. Йода скрылся на отдалённой планете Дагоба. Там он смиренно ждал, пока появится новая надежда для людей, угнетённых государственным строем.
Через три года после битвы при Йавине новая надежда появилась. Отправленный на Дагобу своим бывшим учителем Оби-Ваном Кеноби, Люк Скайуокер искал Йоду, не подозревая, что найдёт его чрезвычайно легко... и вообще, неизвестно, кто кого ещё найдёт. Потерявшийся в странном заболоченном мире, Скайуокер нашёл ещё более странное создание - "гнома", обещавшего ему помощь. "Гном" постоянно испытывал его терпение насмешками и неторопливостью - но это был тест, который юный Люк не преминул провалить. Открыв наконец юноше своё настоящее имя, магистр начал безжалостный курс тренировок. Испытания во владении телекинезом, тренировки духа, тела и воли, многие тесты помогли Люку приблизиться к состоянию джедая. Когда перед ним встала задача - вытащить из болота свой затонувший истребитель, Скайуокер не мог довериться чувствам и возможности, и ответил, что он попробует. Йода был весьма рассержен. Он считал, что пробовать нельзя, нужно делать или не делать, попытки нет. В доказательство тому, что по размерам нельзя судить о тяжести выполнимого задания, Йода вытащил крестокрыл самостоятельно. Люк был поражён. Когда Йода обучал его, как нужно предвидеть будущее, Люка посетило видение его друзей, находящихся в смертельной опасности, и он решил прервать свои тренировки. Юноша обещал, что вернётся, и улетел на Беспин, но не только не спас друзей, но был спасён ими. Йода боялся, что всё, что он пережил, заставит его поддаться проискам Вейдера и императора. Через год Люк вернулся, чтобы закончить обучение. Перед лицом опасности, возникшей после схватки с Вейдером, узнав, что Лорд-ситх на самом деле его отец, Люк выяснил, что ему нет нужды продолжать тренировки. В его отсутствие Йода сильно заболел. Умирая, он счёл нужным пролить немного света на мрачное прошлое - был ещё один Скайуокер. Исчерпав таким образом свои обязанности в бренном мире, открыв юноше тайну, Йода стал одним целым с великой Силой. Люк понял, что его сестра - Лея Органа, а также спас отца от Тёмной стороны. На праздновании победы у планеты Эндор, Люк видел спектральный призрак Йоды, сопровождаемый Оби-Ваном Кеноби и Анакином Скайуокером, перешедшим в Свет после смерти.

Оружие.